Étape 14 : programmes
Ce qui suit est des programmes gratuits que vous pouvez utiliser pour afficher, éditer, manipuler et créer vos projets. J’ai passeront en revue certains d'entre eux dans les étapes suivantes, d’autres, je laisserai à découvrir :
Banc de travail pour le génome NCBI:
Il s’agit d’un programme riche en fonction conçu pour explorer, aligner et assembler le génome à l’échelle du gène. C’est un peu gênant pour l’utilisateur la première fois cependant, ils ont excellents tutoriels et mises à jour régulières, puisqu’il est parrainé par le NIH.
Pas grand chose si rien n’a changé depuis ABI (maintenant Life Technologies) a sorti son logiciel de séquence Scanner, mais pourquoi réparer ce qui n’est pas brisé. Cet outil simple convivial permet aux utilisateurs de visualiser rapidement leur chromatogramme (fichiers de forme d’onde qui sont le produit des réactions de séquençage Sanger) et les données associées à des scores de qualité y compris eux. Leur bulletin de produit , il résume bien, cependant vous devrez vous inscrire pour télécharger.
BioEdit ne peut pas gagner des points sur le style, leur interface on dirait que c’est juste hors de VB, mais elle est riche en contenu et disponibles les outils. Peut-être l’une des meilleures suites des programmes gratuits pour la génétique, il rivalise avec même des produits commerciaux. La liste des fonctionnalités est longue et est probablement le plus complet de tous les programmes que j’ai évalué.
Le programme FastPCR est un excellent programme simplifié pour la conception des amorces, des sondes et des réactions de PCR ; Il a même une fonctionnalité pour tester vos amorces silico contre vos séquences de référence. Ce programme est idéal pour le bricolage biologiste à concevoir chez SSP tests pour détecter les allèles spécifiques ou pour déterminer le choix de l’amorce d’un projet de séquençage. Je n’ai pas utilisé car il est allé à un procès à l’approche de licence basé, mais vous devriez toujours être en mesure d’obtenir une version d’essai d’essayer pour un certain temps.
MEGA:
Je n’ai pas utilisé de MEGA depuis le premier cycle, non pas parce que c’est un programme non conformes aux normes en fait c’est génial, mais parce que je ne plus phylogénétique. Si vous êtes intéressés par la biologie évolutive et retrace les origines des gènes, c’est le programme pour vous. Ce que je comprends, c’est seulement amélioré depuis mon premier cycle analyse phylogénétique sur l’évolution de l’ADN mitochondrial de lièvre.
Facilement l’un de l’ADN plus utilisé séquence spectateurs autour, si seulement en raison de sa simplicité et la facilité d’utilisation, saturations Lite vous donne seulement ce que vous devez afficher les chromatogrammes de l’ADN et sans peluches. Il s’agit d’un favori pour des vues ponctuelles qui ne nécessitent pas de manipulation ou assemblage, cela devrait être où la plupart des scientifiques DIY commencent leur incursion dans l’analyse génétique.
Primer3 et Primer3Plus:
Primer3 a longtemps été le porteur standard dans les outils de conception d’amorce libres et ouverts. Il est employé couramment dans l’ensemble de la communauté des chercheurs et est même incorporé dans plusieurs paquets logiciels (payants et gratuits). L’interface permet un réglage fin de vos paramètres de conception d’amorce cependant c’est aussi impliqué ou mains libres vous rendent ce qui permet les deux novices et les utilisateurs expérimentés la possibilité d’utiliser ses intereface. Pour plus d’informations, lire la suite de la publication, Untergasser et al., 2012.
Autres programmes en plus de ceux-ci existent, mais je ne suis pas aussi familier avec eux. Cela ne veut ne pas dire qu’ils ne sont pas bonnes, je ne veux pas faire de cette ' ible un examen géant du logiciel. Si vous êtes encore curieux, découvrez Sequencher, GeneMark, GeneStudio, Softgenetics (trial), GenBeans, UGene, SEQtools (axée sur la licence) et doux. Je pars les logiciels plus orientée vers le clonage dans les bactéries, les levures et les autres systèmes modèles cependant il y a aussi quelques excellent freeware dehors pour cela aussi (p. ex. Serial Cloner). Personnellement, maintenant je travaille seulement avec une suite de logiciel payant appelée Geneious puisque nous avons normalisé il dans mes années de laboratoire il y a, c’est lisse et puissant mais pas abordable pour le généticien DIY.
S’il vous plaît note, tous les logos et captures d’écran sont propriétés de leurs organisations respectives
