Étape 3: Choisir une protéine
Fond : Banque de données de protéine
Quand les biologistes et des biochimistes découvrent la structure d’une protéine nouvelle (le plus souvent en soit par cristallographie aux rayons x ou la RMN), ils sont généralement tenus de présenter leurs nouvelles structures à l’un de plusieurs dépôts massifs en ligne. Ces structures sont alors accessibles par des scientifiques qui veulent vérifier, utiliser et améliorer leurs résultats. Ces référentiels sont mis à la disposition du public aussi bien, dans un effort pour éduquer le public sur les découvertes effectuées et partagent les résultats que leur argent des contribuables a contribué à la caisse. Judicieusement nommé la Protein Data Bank, n’importe qui avec un ordinateur a la quasi-totalité des découvertes de la science moderne à portée de main lorsque vous choisissez un modèle de protéine d’imprimer en 3D.
Banques à usage
Le Research Collaboratory pour la bioinformatique structurale (RCSB), une collaboration entre Rutgers, UCSD et Wisconsin-Madison, héberge un Protein Data Bank ici, que j’ai utilisé :
http://pdbbeta.RCSB.org/PDB/Home/Home.do
RCSB est membre d’une plus grande collaboration scientifique mondial appelé le World Wide Protein Data Bank, qui est relié au RCSB et d’autres banques de protéine dans le monde entier.
Choix d’une protéine : où commencer
Les options de recherche d’avoir choisi une protéine peuvent être assez écrasante si vous ne savez pas par où commencer. Si vous n’avez aucune idée de ce que vous désirez imprimer ou ce que vous pouvez imprimer, RCSB a une protéine vedette du mois. Protéines recommandés offrent des modèles 3D ainsi que des descriptions perspicaces et animations sur la fonction et l’importance des molécules/protéines qui vous intéressent. Si jamais vous trouvez une protéine et souhaitez en savoir plus à ce sujet et un base Wikipedia ne remplit pas tout à fait vous en, Proteopedia est maintenue étroitement avec la plupart des entrées Protein Data Bank.
Options de recherche
Lorsque vous recherchez une protéine, par exemple, « hémoglobine » vous aurez la possibilité de trier les résultats. Je vais vous expliquer les fonctionnalités de tri plus intéressantes ici.
La méthode de tri qui vous donne le plus grand choix est tri par organisme. Pour la recherche d’hémoglobine seule nous avons résultats parmi la centaine d’organismes différents (pas seulement les animaux, aussi!). Essayez de prendre un regard sur les différences entre l’hémoglobine d’un humain, un être humain avec une drépanocytose, un cheval, un cachalotou un ver.
Lorsque vous faites défiler une recherche, vous trouverez qu’il y a beaucoup de différentes structures pour une protéine, selon la température, quel type de solution, la protéine est en quand les scientifiques ont découvert sa structure et sa résolution (en angströms, où le diamètre d’un seul atome de chlore est 1Å. Un seul atome d’hydrogène a un diamètre de .25Å.) Structures de protéine même varient en fonction de ce qu’ils sont attachés pendant qu’ils font leur travail : modifications de l’hémoglobine forme avec chaque molécule d’oxygène, il saisit, et il saisit 4 ! (changement de forme pour faire de chaque « saisir » successivement plus facile, appelée liaison coopérative). Ceux-ci ne comptent trop pour une impression 3D et de nos usages, mais importe beaucoup aux chercheurs : un modèle plus précis dans une certaine condition pourrait signifier une différence quand il s’agit d’un nouveau médicament expérimental théoriquement interagir avec une protéine.
Téléchargement de la structure
Pour télécharger la structure 3D, naviguez vers le coin supérieur droit de la page de la protéine (le RCSB) près de la désignation de protéines (dans ce cas, 1HHO pour humaine normale l’hémoglobine, la protéine qui transporte l’oxygène dans nos globules rouges) et cliquez sur Télécharger les fichiers. Télécharger votre protéine comme un fichier PDB. (Sélectionnez texte pour non compressé, ou. GZ pour un fichier compressé, que vous auriez besoin pour décompresser).
