Étape 4: Protéine Surface
Une fois que vous avez votre protéine fichier téléchargé, et toutes vos dépendances sont triés, il est temps d’ouvrir votre fichier dans PyMOL !
- PyMOL ouvert. vous aurez la barre de menu et le spectateur ouvert.
- Allez dans fichier > Ouvrir dans la barre de menus. Assurez vous d’avoir PyMOL recherchant toutes les extensions. Ouvrez le fichier de la molécule que vous avez téléchargé précédemment.
- Vous verrez votre molécule ouvrir ici dans la visionneuse à ce point ! Je vous encourage fortement à jouer autour avec toutes les vues et les fonctions, vous avez à votre disposition. Il s’agit de l’intersection passionnante de la chimie, la biologie et la technologie à votre disposition.
- Quelques commandes utiles : fait pivoter le bouton gauche de la souris, le bouton central de la souris déplace la molécule, droit de la souris bouton se déplace verticalement dans la dimension z. (Plus d’informations sur les commandes de base est situé ici et un cheat sheet se trouve
, avec la permission du PyMOL Wiki)(Amusant à noter : Si vous cochez Affichage > stéréo et changer Affichage > stéréo > Mode stéréo vous pouvez activer l’affichage de droite à l’écran de votre ordinateur à l’aide de la Vision croisée vision Vision ou rouge-bleu Vision anaglyphe 3D!)
- Afin de rendre votre molécule comme une surface, allez dans la case "S" (spectacle) à droite de votre nom de protéine, cliquez sur, puis survolez comme. A partir de là, vous pouvez cliquer sur l’option de surface.
- De là, vous pouvez modifier comment votre surface a été générée, comment il a été affiché ou il a la couleur à l’aide de la réglage > Surface menu.
- Une fois que vous êtes satisfait de votre surface, dirigez-vous vers fichier > enregistrer l’Image sous > VRML2. Cela permettra d’économiser votre image comme fichier .wrl, partie du format VRML (Virtual Reality Modeling Language).
À ce stade, vous êtes peut-être déjà au point où vous pouvez soumettre votre modèle à un endroit qui serait l’imprimer ! i.Materialise et Shapeways deux prennent en charge les fichiers .wrl. Vous devrez peut-être votre maquette ou descendre, ou tourner, selon vos besoins d’impression et les désirs. Vous aimerez aussi vers le port de votre nouveau fichier moléculaire à un. STL fichier, l’un des formats les plus courants 3D modélisation/impression disponibles et la une Makerbot utilise. Je vais aller dans la multitude de programmes de manipulation 3D disponibles et couvrir les fonctions de base que vous devez effectuer pour obtenir votre fichier Makerbot .stl prêt.