Une protéine d’impression 3D: modélisation d’une Machine moléculaire (2 / 6 étapes)

Étape 2: Installer PyMOL


PyMOL est un programme de modélisation et de visualisation gratuit et open-source pour les petites molécules et des protéines. PyMOL est une communauté active et en pleine croissance, mais aussi une part importante du marché dans la littérature scientifique, ce qui en fait un outil parfait à utiliser pour la création et la personnalisation des modèles moléculaires. PyMOL permet de créer et de visualiser des modèles moléculaires, partir le bal traditionnel et le modèle de bâton qui met l’accent sur des atomes et des liaisons, à l’espace, modèles qui insistent sur les surfaces et le volume de remplissage. Nous allons imprimer un modèle de remplissage d’espace dans ce instructable pour donner une idée de ce qu’aurait fait ressembler à une protéine.

Le PyMOL Wiki a excellente documentation sur la façon d’installer PyMOL pour tous les systèmes d’exploitation modernes. La principale PyMOL site a préalablement compilé s’appuie pour Mac et Linux facilement disponible. Heureusement, vous n’avez pas besoin de compiler votre propre Windows exécutable à partir du code source (bien que certainement, vous pouvez si vous le souhaitez) - d’autres ont heureusement déjà fait et rendu public les résultats. Je vous montrerai les étapes illustrées ici pour une installation de Windows, car c’est le système d’exploitation, que j’ai utilisé.

Installer PyMOL sur Mac :
http://www.pymolwiki.org/index.php/MAC_Install

Installer PyMOL sur Linux :
http://www.pymolwiki.org/index.php/Linux_Install

Installez PyMOL sur Windows :
http://www.pymolwiki.org/index.php/Windows_Install

Brièvement et illustrées :

  1. Suivez le lien donné à l’étape 2 du guide d’installation de Windows sur le Wiki de PyMOL.
  2. Télécharger la version correcte du PyMOL (puisque le Python 2.7 j’ai installé précédemment est 64 bits, je vais installer le fichier de PyMOL 64bits, pymol-1.6.0.0.win-amd64-exe py2.7.).
  3. Une fois que vous avez téléchargé le .exe PyMOL, exécutez le programme d’installation. Utiliser tous les paramètres d’installation par défaut.
  4. Afin d’exécuter PyMOL, accédez à C:\Python27\PyMOL dans votre système de fichiers et exécutez l’Application PyMOL.exe. (Vous pouvez également créer un raccourci sur le bureau en ce moment).

Maintenant le temps de trouver certaines protéines !

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