Dans la recherche biologique, il y a plusieurs reprises, dans lequel les comparaisons génétiques sont nécessaires. Par exemple, il y a des moments quand il n’y a pas beaucoup d’informations sur un organisme spécifique ou d’une enzyme qui est d’intérêt pour le chercheur. C’est pourquoi il est utile de pouvoir trouver des enzymes qui sont mieux étudiés ou des organismes génétiquement semblables. La génétique peut aider à justifier l’utilisation de ces organismes comme base pour la mise en place d’une expérimentation ou d’arrière-plan pour une expérience. En outre, la génétique peut être utilisée pour déterminer les relations évolutives entre les organismes. Les plus proches génétiquement des organismes ou des enzymes sont mutuellement puis plus récemment qu'ils ramifiée d’un ancêtre commun. Il est donc utile de se familiariser avec ce type de logiciel.
Centre national pour l’Information de biotechnologie (NCBI) est une base de données où, entre autres choses, gènes peuvent être facilement cherchés et trouvés. Base locale alignement Search Tool (BLAST) est un outil sur NCBI qui permet la comparaison d’une séquence requête avec toutes les autres séquences dans la base de données.
Concepts
Le sujet de ce projet pour familiariser les gens avec la base de données et d’outils est l’enzyme glutathion S-transférase (GST) dans Mus musculus (souris). La souris a été choisie parce que son génome a été séquencé et étudié intensivement. GST est des enzymes qui ont été constatés qu’une partie de la protection de la cellule de plusieurs produits chimiques dangereux qui sont produits dans l’environnement, tant au sein de l’organisme.
GST est divisées en trois super-familles différents. Le plus important de ces superfamilles est le cytosolique et cette superfamille a treize classes reconnues : alpha, delta, bêta, epsilon, zeta, theta, mu, nu, pi, sigma, tau, phi et oméga. Vous pouvez reconnaître chaque superfamille par la lettre qui suit directement les TPS dans la section nom (c.-à-d. la superfamille alpha est Gsta) et ensuite chaque super-famille a différentes catégories sous eux, qui sont distinguent par un nombre.
Domaines conservés sont des sections du génome qui sont semblables dans plusieurs espèces différentes. Ceci suggère qu’ils remplissent une fonction importante pour l’organisme et c’est pourquoi elle a été préservée grâce à l’évolution.
Fournitures
Ordinateur
Connexion Internet
Sites Web
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?
http://Blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
Temps
Ce projet ne devrait pas prendre plus de 20 minutes.
