Mappage de Microbes (2 / 3 étapes)

Étape 2: Effectuer le séquençage de l’ADN sur des échantillons prélevés

Installation de séquençage de l’ADN A extrait l’ADN microbien de votre échantillon et la séquence des régions spécifiques des génomes présents dans l’échantillon. La région du génome qui doivent être séquencés, dépend en partie de ce que les organismes que vous essayez d’identifier. Vous pourriez séquencer une chose pour les animaux (p. ex. CO1) et un autre pour les microbes (par exemple les ARNr).

Les gènes d’ARN ribosomique (ARNr) sont souvent examinés par les biologistes pour l’identification des microbes. Ils sont anciens, hautement conservée et commune selon les espèces. Différents microbes ont des versions différentes des gènes ARNr. La version spécifique d’un gène de l’ARNr possédé par un organisme peut aider les scientifiques (et vous!) dire apart un microbe de l’autre.

Séquençage de gènes d’ARN ribosomique 16 s est particulièrement utile pour distinguer un type de bactérie d’un autre. Est-ce une cyanobactérie, protéobactérieou un firmicute? Selon le nombre de bactéries différentes dans votre échantillon d’origine, les résultats de séquençage peuvent inclure des centaines (ou milliers!) d’unique 16 séquences d’ARNr. Chaque séquence d’ADN sera 200-300 paires de base longues et peut être utilisé pour caractériser les bactéries qui n’existaient pas sur la surface où vous avez récupéré un spécimen.

Avoir un tas de données de séquences de 16 s rRNA gene vous aidera à identifier les microbes qui se trouvaient sur la surface où vous avez récupéré un spécimen. Mais cette analyse nécessitera un travail impliquant la bio-informatique. Par exemple, vous pouvez comparer vos données de séquence pour les données disponibles dans des bases de données publiques, pour voir si d’autres ont marqué tout ADN microbien avec des similitudes à vos données.

Pourquoi ne pas partager vos données en ligne et laisser les autres vous aider à le caractériser ? Au-delà de foule-sourcing de l’effort de calcul, il y a nombreuses possibilités passionnantes une fois que les gens commencent à partager leurs données...