Conception, assemblage et vérification d’une Nanostructure de Origami ADN 2D (2 / 9 étapes)

Étape 2: Visualisation et modélisation moléculaire

Après la conception de cadnano, nous avons voulu visualiser nos conceptions. Nous avons rencontré des problèmes lorsque vous essayez de convertir la représentation sous forme de cadnano de la nanostructure en une représentation atomique pour la visualisation dans le logiciel standard de VMD. À la suite de cette lutte, nous construit un petit module pour traduire les fichiers .json cadnano dans le format de .mmcifet alors utilisé que pour étendre Autodesk Visualiseur moléculaire pour accepter le téléchargement de fichiers cadnano. Ces fichiers mmcif sont le nouveau standard industriel pour la représentation atomique et peuvent être utilisés pour la visualisation des modèles à grande échelle qui ne pouvaient pas être traités par les anciens modèles de l’APB. La conception de « A » a été convertie en un fichier de .mmcif en téléchargeant simplement le fichier .json de cadnano dans le visualiseur moléculaire via le portail de téléchargement. À l’aide de la visionneuse a été utile pour déterminer où se trouvait chaque stand discontinue en relation avec le plus grand modèle lui-même.