Étape 2: Configuration de ImageJ
Ouvrez ImageJ et pour définir les mesures souhaitées qui seront prises lorsque nous font la demande, procédez comme suit :
« Analyser »--> "Définir des mesures" et cochez les cases pour la « Zone », « Densité intégrée » et "Valeur moyenne de gris".
Nous devons maintenant définir l’échelle de votre balayage. Cette étape n’est vraiment nécessaire si vous avez besoin de l’espace pour vos données (ce que je fais) car il n’est pas grave ce que les unités sont pour CTCF. Si vous ne souhaitez pas définir l’échelle, trouver la longueur, en pixels, de la barre d’échelle et d’enregistrer ce numéro. Le mien était 147 pixels à 20 micromètres. Maintenant, procédez comme suit pour définir l’échelle :
« Analyser »--> "Échelle Set" et entrez la longueur de pixel de votre balance bar, la distance connue (longueur de la barre d’échelle dans les unités souhaitées) et les unités que vous souhaitez mettre en place, puis sélectionnez "Global".
Maintenant, nous sommes prêts à recueillir des données.