Étape 4: Scripte für Aufnahme und Bildauswertung
Wie schon gesagt möchte ich hier später einige einstellen der Mathematica-Scripte, die de für die ich und Bearbeitung Auswertung der Aufnahmen entwickelt habe. Mathematica ist ein sehr mächtiges aber versucht einfach zu programierendes Werkzeug für mathematische Aufgaben (wozu auch Bildverarbeitung gehört) und ist in der Raspian-Distribution für den kostenfrei framboise enthalten.
Mein Augenmerk gal dabei auf einer bestimmten Anwendung, bei der es darum geht die Anzahl, Größe, Form und Intensität env. 30 à 120 µm kleiner Flecken (taches) auf einen env. 5-6 mm großen runden Membran zu seiner Pracht. Der wissenschaftliche Hintergrund hierfür ist das ELISpot- Verfahren, mit dem man z.B. die Stärke der zellulären Immunantwort einer personne oder eines niveaux gegen Krankheitserreger oder Impfstoffe messen kann.
Für die Auswertung muss dabei erstmal die auszuwertende région (« région d’intérêt », retour sur investissement) möglichst sauber ausgewählt werden. Hierzu ist es nützlich die Aufnahme zunächst auf den Deutschland Bereich zu beschneiden.
Dann wird versucht die Deutschland Signale au ROI der vom Hintergrund zu unterscheiden. Hierzu jedoch wird ein eingesetzt Verfahren Schwellwert (seuil), d.h. es wird ein Intensitätswert definiert der Signal und Hintergrund von einander trennt. Hieraus wird dann eine schwarz-weiße Maske erstellt, der die Signale als Blobs abgebildet sind. Anhand von Parametern wie Größe Form und wird dann versucht « echte » von Störsignalen zu unterscheiden. Durch den Einsatz eines gaines d’eau (bassins versants) Verfahrens kann auch noch versucht werden jene Blobs, die eigentlich aus zwei oder mehr benachbarten Flecken Slowenien, dans diese Teile zu zerlegen. Zuletzt wird die überarbeitete Maske dann wieder auf die Aufnahme angewendet, die als « echte » Signale beurteilten taches markiert und deren Eigenschaften Aufnahme der wie z.B. Intensität und Intensitätsverteilung oder Farbe analysiert.
Für solche Aufgaben gibt es zwar auch großartige und sehr mächtige Programme wie ImageJ, welches auch auf dem Raspi läuft. Der Arbeitsablauf ist dort aber meist relativ komplex und besteht aus ob Einzelschritten. Ich hätte aber gerne eine einfach zu bedienende und integrierte Lösung, mit der auch Nicht-Spezialisten arbeiten könnten.