Étape 1: Installer VirtualBox et FreeSurfer (et convertir DICOM à NIFTI)
(Voici les instructions pour Windows. Si vous avez Linux de Mac, vous pouvez installer FreeSurfer directement en suivant les instructions sur le site Web FreeSurfer)
- Installer VirtualBox pour "Windows hosts x86/amd64" de ce lien (~ 110 Mo)
- Télécharger et extraire l’image de Virtualbox (Xubuntu) FreeSurfer d' ici (~ 9 GB)
- Suivez ces instructions pour installer FreeSurfer pour VirtualBox. Je recommande d’utiliser plus de mémoire qu’ils utilisent (comme le 2-4 Go).
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Si vous avez vos fichiers de MRI dans DICOM vous pouvez les convertir en utilisant l’outil dcm2nii de MRIcron : win.zip
(S’ils sont déjà au format NIFTI, vous pouvez ignorer cette étape.)
- Intéressé les fichiers et dcm2niigui.exe ouvert
- Cliquez sur "fichier -> DICOM à NIFTI"
- Sélectionnez le dossier contenant vos fichiers DICOM à l’intérieur, puis cliquez sur « Ouvrir »
- Le programme devrait fonctionner pendant quelques secondes
- À l’intérieur de votre dossier DICOM il devrait maintenant y avoir un ou plusieurs. nii.gz fichiers. Dans le cas d’aucun doute il suffit d’utiliser la plus grande salle. Je l’ai renommé à « brainscan.nii.gz » pour le rendre plus facile à trouver et à manipuler.
Vous pouvez également utiliser les fichiers DICOM directement dans FreeSurfer, mais par souci de simplicité, je suppose que vous utilisez des fichiers NIFTI.
(on trouvera plus d’informations à dcm2nii ici)
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